避免任何微生物污染及其內毒素釋放的有效而安全的方法是在生產(chǎn)和運輸過程中保持絕對的無菌。如果采用某種去污染措施，必須保證得到足夠的終產(chǎn)物。Anspach等積累多年的經(jīng)驗總結出，從含蛋白質溶液和不含蛋白質的溶液中去除內毒素是有很大區(qū)別的。對于不含蛋白質的溶液，可采用那些利用內毒素與水、鹽和其他一些小分子物質的分子大小不同來去除內毒素的方法。下面介紹選擇性清除內毒素的方法之超濾法。

凝膠過濾色譜法能從無蛋白質的溶液中去除80%以上的內毒素活性。

超濾類似于血透，是用一種相對分子質量大約為10000的膜，通常所用的水是超純水，整個操作系統(tǒng)使用的儀器均為沒有內毒素污染的無菌設備。另外，在這種條件下內毒素主要以聚集物的形式存在，所以更加安全可靠。但是需要注意的是，雖然這是一個緩慢的過程，然在溫度較高（～100℃）或酸性環(huán)境下（pH3.5～4.5）時，部分內毒素分子被分解，從而使內毒素分子的實際毒性部分脂質A（相對分子質量2000~4000）大量釋放出來，給內毒素的去除帶來麻煩。

超濾法也可將內毒素從相對分子質量小的產(chǎn)物溶液中去除，如葡萄糖、鹽、許多化學物和不能透過射線的物質以及大多數(shù)抗生素等。相對分子質量為10000的膜也可用于此，產(chǎn)物通過膜彌散的同時內毒素卻被膜扣留。為了使蛋白質產(chǎn)物也能順利彌散出來，膜的孔徑必須大于相對分子質量100000的蛋白質的直徑。在蛋白質存在的情況下，內毒素聚合物分離而成為較小的單體，正如在EDTA或膽酸存在的情況下一樣，內毒素單體和蛋白質在大小上相接近，兩者均能通過超濾膜。

1998年，Li和Luo找到了一個提高蛋白質分離度的方法，他們在含85mmol/L血紅蛋白和5mol/ml內毒素的溶液中加入45mmol/L的Ca2+以改變內毒素溶液的結構，使之成為大的聚合體從而減少內毒素量至6ng/L。用相對分子質量為300000的超濾膜可以使血紅蛋白透過。但是這種方法對于那些溶解度受高Ca2+濃度影響小的蛋白質來說，使用價值有限。